Beijing krever suverenitet over nesten hele regionen, men det kolliderer også med konkurrentene fra sine fem naboer. USA avviser kinesisk suverenitet over verdens travleste ruter og fortsetter å sende krigsskip gjennom regionen på «navigasjonsfrihet» patruljer.
USS Theodore Roosevelt er ledsaget av USS Bunker Hill, det guidede-missilskipet, og Orly Burke-klasse-ødeleggerne USS Russell og USS John Finn.
USA har sagt at de vil «arbeide for å sikre havets frihet og å bygge allianser som fremmer maritim sikkerhet.»
Bakadmiral Doug Verisimo, som befalte transportørsteamet, la til: “Etter å ha reist på dette vannet resten av mine 30 år av livet, var tilbake i Sør-Kinahavet, utførte rutinemessige aktiviteter, forbedret og sikret uavhengigheten til havene, allierte og partnere.
«Da to tredjedeler av verdens handel reiser i denne viktige regionen, er det viktig at vi opprettholder vår tilstedeværelse og fortsetter å fremme regelbasert orden, noe som har gjort det mulig for oss alle å vokse.»
Søndag gjorde et kinesisk krigsfly et stort inntog i taiwansk luftrom for andre dag på rad.
Operasjonen involverte 15 fly, inkludert 12 jagerfly.
Taiwanske styrker varslet inntrengere og forberedte raketter som en forholdsregel.
Kina anser Taiwan, som ligger i sine østlige hav, som en integrert del av territoriet og har truet militæraksjon for å bringe det under kontroll.
Les mer: Frykt for en åpen krig som bryter ut når Beijing styrker Sørkinahavet
«Vi oppfordrer Beijing til å avslutte militært, diplomatisk og økonomisk press på Taiwan og i stedet føre en meningsfylt dialog med Taiwans demokratisk valgte representanter.»
Fredag vedtok Kina en ny lov som tillot kystvakten å åpne ild mot utenlandske fartøyer.
Sør-Kinahavet Beijing søker for øyeblikket suverenitet over flere Østkinahavsøyer kontrollert av Japan.
I tale til CNN Christian Le Mier, en maritim sikkerhetsekspert, advarte han om at den nye loven om amerikansk politikk som støtter navigasjonsfrihet vil være «hjerteskjærende.»
Han la til: «Kinas kystvakt gjør allerede flere løft på maritim tvang på sjøen, så det er verdt å undersøke den nye lovgivningen som er vedtatt om dette problemet.»
På tirsdag sa Joe Bidens påtroppende utenriksminister Anthony Blinken: «Kina er utvilsomt den største trusselen mot USA under senatets bekreftelse.
«Stolt gründer. Tv-talsmann. Sertifisert popkulturnina. Generell baconfanatiker. Avid internett-spesialist.»